Продолжение школьного дела, развитие образования

В сентябре 1754 года Святитель издал указ, в котором говорилось, что его заботит обучение и воспитание детей духовенства, и известил, что он собирает средства и намеревается открыть семинарию. Духовенству было вменено в обязанность обучение детей своих Часослову, Псалтири, скорописи, пению и букварю, причем учение «должно было идти со всяким прилежанием и крайним рачением, дабы дети могли пономарскую и дьячковскую обязанность исполнять по достоинствам своим»
В декабре 1754 года Святитель распорядился «грамоте писать умеющему, а ежели где ученых не имеется, то хотя неученых для обучения письму и приказному порядку прислать в Консисторию при доношениях, снабдить отправляемых пищею и одеждою из каждого монастыря , в пользу и на служение которых эти дети будут учится в Консистории»

Пока собирали детей для обучения, построили новый архиерейский дом и школу при нем. Школа в Иркутске была со времен святителя Иннокентия (Кульчицкого), в ней обучалось от 30 до 60 учеников. Называлась она Семинарией. В ней преподавали славянский, русский, монгольский, латинский и риторику. Во время перерыва в управлении епархией школа пришла в упадок. Преосвященный Софроний перенес ее из Заречья в самый город, в новый архиерейский дом.
Святитель Софроний также преподавал в ней, как и его предшественники - святители Иннокентий I и Иннокентий II. При школе была значительная по тому времени библиотека - книги и рукописи по многим предметам, преподаваемым в Киевской и Московской академиях и в Харьковском коллегиуме, написаны большей частью святителями Иннокентием (Кульчицким), Иннокентием (Неруновичем) и Софронием (Кристалевским), которые оставили в наследие школе свои собственные библиотеки. Для того времени школа эта представляла собой значительный центр просвещения для всей Восточной Сибири.
Хотя Святейший Синод и отозвался на просьбу святителя Софрония и обещал присылать из центральных епархий духовенство, указав архиереям Казанскому, Тобольскому, Вологодскому, Вятскому и Устюжскому отпустить в Иркутскую епархию так нужных там людей, но в Иркутск приехал только один иеромонах из Вологодской епархии - Лаврентий, из Лопатова монастыря.
Преосвященному Софронию пришлось трудиться с теми, кто был. Поэтому он поставил своей ближайшей задачей повысить духовный уровень имеющегося духовенства. Кроме того, он стремился привлечь возможно большее количество учеников во вновь открытую им школу.