Возникновению Иркутска предшествовало строительство малого зимовья. Его основал енисейский казак Иван Похабов в 1652 на острове Дьячий, расположенном против устья реки Иркут, впадающей в Ангару.  Место оказалось неудачным, так как постоянно заливалось весенней водой, да и для дальнейшего развития поселения территория острова была слишком мала. Енисейский воевода Иван Иванович Ржевский предложил найти другое место для создания будущего оплота.

Местом для нового острога стал высокий берег Ангары, не затопляемый в половодье. Его строительством руководил енисейский казак Яков Иванович Похабов, который традиционно считается основателем Иркутска. Датой основания Иркутского острога принято считать 6 июля 1661 года. Этим числом подписано письмо от сотника Якова Похабова енисейскому воеводе Ржевскому о начале строительства. Некоторое время он назывался Янда́шским по имени предводителя одного из родов местного булагатского племени Яндаша, который и просил об основании укреплённого городка. Располагался острог на незатопляемом берегу Ангары, на ровной безлесной территории. Площадь укрепления была небольшой, всего 19 на 17 метров. В плане территория была прямоугольником. Несмотря на маленькие размеры, острог имел все необходимое для жизни двадцати казаков. Возглавлял отряд казачий десятник Василий Ездаков. Были построены также амбар, хранилища оружия и боеприпасов. Рядом с острогом стали селиться люди, привлеченные безопасностью, плодородными землями, реками и лесами, полными рыбой и дичью. Этот острог простоял недолго. Во-первых, он стал мал за счет увеличивающегося населения посада. Во-вторых, он строился неосновательно, на одну-две зимовки. Поэтому уже в 1669 году началось строительство второго острога. В 1669 года под руководством служилого человека Андрея Барнешлева, началось строительство второй крепости, названной уже Иркутским кремлём. 

В 1672 году почти в центре кремля была построена первая (деревянная) Спасская церковь, а вокруг — дворы местных начальников от Сибирского приказа и жилые дома. Через 10 лет к церкви пристроили шатровую колокольню. Жить с Божией помощью стало легче, население посада росло. Известно, что у стен острога селились теперь не только крестьяне, торговые люди, ремесленники, но и женившиеся казаки, которые обзаводились домами и хозяйством. Холостяки жили в помещениях крепости. 

В нижнем ярусе колокольни устроили амбар и торговые лавки. А еще несколько лавок разместили под папертью церкви. Торговые дела шли с каждым годом лучше, благодаря расширяющимся связям с Китаем. В 1682 году здесь появилось воеводское начальство, острог становится центром Иркутского воеводства. В это время здесь были выстроены двор воеводы и приказная изба. В конце XVII века поселение получило статус города. Произошло это через 25 лет после основания Иркутского острога. Год 1686-й этим вошел в историю Иркутска. Требовалось увеличение крепости, что и было выполнено.